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手机设置了短信拦截后仍然可以收到短信的原因可能有以下几种情况。
1、短信可能被安全软件拦截并放入拦截短信的文件夹中，用户需要检查该文件夹才能查看被拦截的短信，部分手机安全软件可能具有智能识别功能，会将部分真正的短信误判为骚扰短信并拦截，这时可以通过更改短信关键词或调整软件设置来避免误拦截重要短信。
2、部分手机自带短信防火墙功能，如果用户之前设置过短信黑名单等拦截设置，可能会屏蔽特定的短信来源，但仍然可以接收其他未屏蔽的短信，这时需要检查手机的短信设置，确保拦截设置没有导致误操作。
3、手机设置了短信过滤功能也可能导致部分短信被过滤掉，用户可以检查短信过滤设置，确保重要的短信来源没有被误判为过滤对象。
4、如果手机处于信号覆盖较差的区域或遭遇了网络故障，可能会出现短信收发延迟的情况，在这种情况下，用户可以尝试更换环境或稍后再次查看是否仍然可以收到短信。
如果以上情况都排除后仍然存在问题，建议咨询手机品牌官方客服了解更具体的解决方法，不同手机品牌和操作系统可能存在差异，具体操作方法可能会有所不同。